อย่างไรก็ตามแอปพลิเคชันนั้นอาจมีความซับซ้อนมากดังนั้นการพัฒนาแอปพลิเคชันที่ดีต้องมีการวางแผนการดำเนินการอย่างเป็นระบบโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาแอปพลิเคชันที่มีผู้ร่วมพัฒนาหลายคนไม่เช่นนั้นอาจจะทำให้เกิดความล้มเหลวหลายด้านเช่นการผลิตแอปพลิเคชันที่ไม่ตรงกับความต้องการของลูกค้าหรือผู้ใช้งานองค์ประกอบของผลิตภัณฑ์ไม่ครบถ้วนตามความต้องการการส่งมอบงานไม่ทันตามกำหนดเวลามีการทำงานที่ผิดพลาดรวมถึงการประเมินค่าใช้จ่ายและปริมาณงานไม่ตรงกับความเป็นจริง